Pampa Azul cuenta con los siguientes ámbitos de decisión
Comité Interministerial: define las orientaciones generales de Pampa Azul. Lo conforman representantes de los organismos de Ciencia, Tecnología e Innovación; Relaciones Exteriores y Culto; Ambiente y Desarrollo Sostenible; Agricultura, Ganaderìa y Pesca; Defensa; Seguridad; Turismo y Deportes.
Consejo Asesor Científico: define los objetivos de investigación y las líneas de trabajo. Está constituido por investigadores e investigadoras de reconocida trayectoria en las Ciencias del Mar.
Consejo Asesor Tecnológico: define los objetivos de desarrollo tecnológico, iniciativas y proyectos prioritarios y mecanismos de transferencia al sector productivo. Está integrado por especialistas de distintas áreas.
Consejo de Administración: ejecuta todas las acciones de la Iniciativa Pampa Azul. Está integrado por los siete organismos que conforman Pampa Azul y la Jefatura de Gabinete de Ministros.
Pampa Azul se financia, principalmente, a través de la Ley Nº 27.167 (PROMAR), a partir del Fondo Nacional para la Investigación e Innovación Productiva de los Espacios Marítimos Argentinos (FONIPROMAR).